Kirchenbau und Ausstattung
Luthers Grabplatte
...mit dem Bild Martin Luthers ist das Original für das Grabmal des Reformators.
Von Lucas Cranach d.Ä. entworfen und in Erfurt gegossen, kam sie durch die Folgen des Schmalkaldischen Krieges nicht an ihren Bestimmungsort Wittenberg.
1571 wurde sie vom Weimarer Herzog der Jenaer Universität geschenkt und befindet sich seitdem in der Stadtkirche. Nach Wittenberg kam erst anläßlich des 400. Geburtstages 1883 ein Zweitguß nach dem Holzmodell, das sich noch in der Erfurter Andreaskirche befindet.
Orgeln
Die von der Potsdamer Orgelbaufirma Alexander Schuke erbaute Hauptorgel wurde 1963 geweiht. Sie besitzt auf drei Manualen und Pedal 51 Register mit 3732 Pfeifen.
Außer zu den Gottesdiensten erklingt die Orgel beispielsweise in den von Mai bis September mittwochs stattfindenden Orgelkonzerten.
Das fahrbare Orgelpositiv in Kanzelnähe wurde 1993 von Bernhard Kutter für die Stadtkirche Waltershausen erbaut und 2010 von der Kirchengemeinde Jena erworben. Es hat 5 Register.